İki aşamalı fermentasyon yapmak fermentasyon sürecini iyi anlamaya bağlıdır. Herhangi bir zamanda birayı aktarmak tersine etki yapabilir, oksijene maruz bırakma potansiyeli taşır ve mikrop kapma riski vardır. Birinci faz fermentasyon tamamlanmadan birayı fermentasyon köpüğünden/maya yatağından ayırmak fermentasyonun tamamlanmamasına neden olur ve son yoğunluk çok yüksek kalır.

İkinci fermenterde hava boşluğunu minimuma indirmek hala devam eden fermentasyonla hava boşluğu doldurulana kadar oksijene maruz kalmayı da minimize eder. Bu nedenle kovalar ikinci fermentasyon için pek uygun değillerdir. 19 litrelik cam damacanalar en iyi ikinci faz fermenteridirler. Plastik damacanalar pek iyi iş görmezler çünkü onlar da oksijen geçirgendirler ve bayatlamaya neden olurlar.

Aşağıda ikinci fermenteri kullanma hakkında genel kurallar var.

1. Birinci fermentasyon evresinin yatışmasını bekleyin. Bu maya ekildikten sonra 2-6 gün kadar sürer (lagerler için 4-10 gün), baloncuk çıkarma oranı dakikada 1-5 sayısına düşer. Fermentasyon köpüğü sönüp iyice yok olur.

2. Arındırılması yapılmış bir sifon kullanın (ağızla emmeyin ve de dalgalanma oluşturmayın), birayı tortudan ayırarak yeni temiz bir fermentere alın ve hava kilidini takın. Askıda olan mayalar ile bira yine hafif bulanık olacaktır.

İlk fermentasyon üç aşağı beş yukarı tamamlandığında her an birinci fermenterden aktarma yapılabilir. (Eğer 3 haftadan fazla zaman geçtiyse doğrudan şişelemeye de geçebilirsiniz.) Çoğu ev biracısı aktarmadan sonra aktivitede hafif bir kıpırdanma da gözlemleyebilir ama sonra tüm aktivite kesilecektir. Bu çok normaldir, birinci fermentasyonun kendiliğinden katkısı değildir, sadece çözünmüş karbondioksitin karıştırmayla birlikte biradan çıkıp yükselmesidir. Fermentasyon (dinlenme) hala devam etmektedir, o yüzden rahatsız etmeden kendi haline bırakın. İkinci fermenterdeki kullanışlı zaman en fazla iki haftadır. İkincideki uzayıp gidecek zaman (hafif ale biralar için 6 haftadan fazla) daha sonra iyi bir gazlanma için şişelemede taze maya eklemesine gereksinim duyacaktır. Bu yüzden aynı cins mayayı orijinal olarak korumanızda fayda var. Bu durum genelde pek gerçekleşmez. Gelecek bölüme ve Önerilen Okumalar ekinde lager bira yapımı ile ilgili bölümlere bakınız. 

Değişik bira stilleri için değişik sürelerde dinlendirme gerekir. Genelde en verimli rayihayı elde etmek için ilk yoğunluğu (OG)  yüksek olan biralar daha çok dinlendirme ister. 1035 pale ale gibi düşük yoğunluklu biralar bir kaç haftalık şişede bekleme süresinde maksimum rayihaya kavuşur. Stout gibi güçlü kompleks ale biralar bir ya da daha fazla ay isteyebilir. Doppelbocks ve Barleywine gibi çok çok güçlü biralar 6 ay ile bir yıl arasında bir zaman isterler ki tam rayihaya kavuşsunlar. (Tabi eğer önce okside olmazlarsa.)

İlk şişelemenizi yapacağınız zaman beş altı şişeyi gözden ırak bir yere bırakıp unutmak her zaman işe yarar bir fikir olmuştur. Genç birayı tatmak ile en az iki ay şişede dinlendirilmiş gerçek birayı tatmak arasındaki farkı gördüğünüzde durumu anlayacaksınız.